2013年12月28日土曜日

続報 次世代シーケンサーの精度

このエントリーを含むはてなブックマーク


2013年4月のPLOS ONEの論文
Revising a Personal Genome by Comparing and Combining Data from Two Different Sequencing Platforms

同じゲノムDNAを2つの次世代シーケンサーで読みましたという論文
使ったシーケンサーはSOLiDとイルミナ。
SOLiDで330万個、イルミナで362万個のSNVs(single nucleotide variants、DNA塩基配列の変異)を見つけた。
そのうち300万個は共通だったが、両方ともリファレンス配列と異なるものが6.8万個、illumina-specificなものが51万個、SOLiD-specificなものが21.9万個となっている。
つまり、1つのシーケンサー方式では、10%程度の間違いを生む可能性があるということ。

驚くほどのエラー率。
調べてみて初めて知った。
研究の現場では次世代シーケンサーを使うことはまだ普及していない、それが実感だ。
知りたい特定の遺伝子の配列だったら、PCRして、従来型のキャピラリーシーケンサーで読めば良いだけである。


  • このエントリーをはてなブックマークに追加
  • follow us in feedly


Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...

0 件のコメント :

コメントを投稿